病毒性的红眼病主要用抗病毒的眼药水，如阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液或者是凝胶。如果合并感染，可以加用抗生素类的滴眼液，如妥布霉素滴眼液、加替沙星滴眼液。如果合并有角膜的病变，还需滴用营养角膜，促进角膜愈合的药物，如重组人表皮生长因子滴眼液、小牛血去蛋白提取物眼用凝胶等。
病毒型的红眼病称腺病毒性角结膜炎，传染性极强，除了结膜充血、眼睛疼痛、怕光，还会有角膜的病变，角膜上可出现弥散的斑点状的上皮损害，病毒性红眼病分泌物是水样的分泌物。