室间隔缺损的症状，依据缺损的大小不同，临床表现不同。小型缺损，左向右的分流量比较少，患者没有明显的症状，仅在体检时发现胸骨旁有收缩期的血管杂音。大型缺损，患者会有肺循环充血和体循环缺血的表现。
体循环供血不足，主要表现为儿童生长发育落后、消瘦、乏力、多汗。肺循环淤血，病人会表现为气短、喂养困难、反复出现肺部感染、容易出现心衰的症状。心衰的症状主要是胸闷、憋气、气促，逐渐发展为呼吸困难、夜间端坐呼吸等。
后期，扩张的肺动脉压迫喉返神经会出现声音嘶哑。长时间的大型室间隔缺损会导致右房、右室的压力增加，到一定程度会有右向左的分流，临床上会出现艾森曼格综合征，病人会出现青紫逐渐加重。