核磁共振和双源CT的成像原理不同，检查的侧重点不同，适应症也不同，所以不能简单的说哪项检查更好。核磁共振没有辐射，对软组织疾病的检查效果更好。但是对呼吸系统以及骨折等疾病相对差一些。
双源CT属于CT的一种，与普通CT相比电离辐射的剂量更低，扫描速度更快，图像质量也更好。但是在临床上主要用于对心脏扫描以及质比较差的婴幼儿的扫描，能够避免心脏图像质量因为患者心率过快而受到影响。
总的二者没有什么可比性，因为应用的方向不一样。如果是心脏疾病，可以首选双源CT。如果是其他软组织疾病，可以首选核磁共振。