多发腔隙性脑梗死主要是口服阿司匹林抗血小板聚集治疗，同时可以应用他汀类药物，比如辛伐他汀、瑞舒伐他汀和阿托伐他汀以调脂稳定斑块。如果患者有高血压时，应积极控制血压，一般首选长效制剂，比如左旋氨氯地平、苯磺酸氨氯地平、厄贝沙坦和缬沙坦。
有糖尿病时要积极控制患者的血糖，一般首选二甲双胍口服，如果降糖效果欠佳时，也可以同时口服瑞格列奈或者拜糖苹，必要时也可以用胰岛素，同时可给予改善血循环治疗，临床上常用的药物包括舒血宁、维脑路通、川芎嗪，也可应用丹参、红花、三七和银杏叶制剂等等。
另外，也可以给予神经保护治疗，常用的药物有依达拉奉、胞二磷胆碱、脑蛋白水解物、奥拉西坦、吡拉西坦，也可以用长春西汀和脑苷肌肽。