非淋菌性尿道炎和普通尿道炎的区别主要有三个方面：一、病原菌，非淋菌性尿道炎都是支原体和衣原体的感染，普通尿道炎主要以普通的致病菌为感染源。二、治疗的方式，非淋菌性尿道炎的治疗主要以特殊的抗生素，如阿奇霉素为首选的治疗方式，普通尿道炎主要以左氧氟沙星等喹诺酮类药物作为治疗的首选药物。三、预后，普通的尿道炎治疗3-5天甚至7天的时间基本能痊愈，而非淋菌性尿道炎治疗的时间在2周以上，还要定期复查，而且比较容易复发，所以复查很关键，要多查几次。