肛门外息肉的治疗多需手术切除，小的息肉采用电烧切除即可完成治疗，这种方法简单有效、损伤小，是肛门外息肉常用的手术方法。
如果息肉较大，需在麻醉下行息肉切除，可以使用肛门镜扩开肛门，钳夹住息肉，在息肉基底部用丝线结扎切除息肉。如果息肉基底部较大，切除息肉后黏膜的创面要行缝合。
息肉切除后需做病理检查，如果为良性息肉，切除即可，息肉为恶性，需进行根治性的手术，术后行综合治疗。炎性息肉可以使用抗生素控制感染，定期观察即可，因肛门息肉为直肠肛管异常增生的组织，具有恶变的可能性，即使手术切除后仍需定期复查，观察有无复发。