在临床中，确诊肝癌主要是判断肿瘤的良性和恶性，这种情况一般是通过超声引导下做肿瘤穿刺活检，也就是说使用穿刺针在超声定位引导下直接穿刺到肿瘤部位，取一小段的标本进行病理学检查，来明确细胞类型，同时进行相关的免疫组化检查，来判断具体的治疗方法。
在临床中，大部分病人往往没有必要进行穿刺活检，因为肝癌通过临床抽血和影像学就可以基本诊断为肝癌，一般通过手术的方法就能达到治疗的目的，大部分病人没有必要进行穿刺活检，一般认为除了要制定特殊的诊疗方案，或临床无法确诊的时候，才可以考虑进行穿刺活检。