男性生殖系统常见的疾病有很多，常见的可以分为几大类：
第一个，男性生殖系统感染性疾病比如尿道炎、睾丸炎、精索及附睾炎、急性前列腺炎、慢性前列腺炎、睾丸结核，还有性传播疾病比如梅毒、尖锐湿疣等。
第二个，泌尿系统损伤的疾病比如尿道损伤、睾丸损伤、阴茎损伤、阴囊损伤。
第三个，男性生殖系统肿瘤性疾病比如阴茎肿瘤、睾丸肿瘤，还有阴囊的Paget病。
第四个，男科方面的疾病比如勃起功能障碍、射精功能障碍、精索静脉曲张、男性不育、包茎、包皮过长、睾丸扭转、鞘膜积液等。