无痛胃镜与电子胃镜区别体现在以下方面：首先无痛胃镜检查，医务人员会对受检者采取静脉注射麻醉药剂的方式，让受检者全身处于麻醉状态下，再对患者食管、胃部、十二指肠等上消化道组织进行检查观察。
而普通电子胃镜受检者，只会使用外用麻醉药剂对咽喉部位进行局部用药。其次正常情况下无痛胃镜相对于电子胃镜，受检者在接受检查过程中，不良症状反应以及检查所需时长会更具优势。
不良症状反应包括有咽喉肿痛、恶心、呕吐、反酸、胸闷等。在医学临床上无痛胃镜检查时长只需5-20分钟即可完成，普通胃镜则需要更长检查时长，但是无痛胃镜相对普通电子胃镜，其对于医疗条件具有更高要求。