胆汁通常呈碱性，碱性的胆汁排入肠道后，主要靠其中的胆盐、胆汁酸进行脂肪组织的消化，能够将大块的脂肪分解成小型的脂肪颗粒，胆盐还能激活胰腺的脂肪酶，促进脂肪组织的吸收。胆汁为碱性，能够中和胃液中的酸性，保护十二指肠免受过酸液体的刺激，从而避免溃疡的发生。所以，胆汁还有保护十二指肠的效果。
同时也要注意的是，因为胃呈酸性，胆汁呈碱性，某些胆汁反流会引起胃炎。因为胆汁会中和胃酸，从而使胃部发生碱性损伤，故胆汁有消化作用，需要在正常的通路上发挥作用。如果有相关的异常通路，就可能会导致疾病的发生。