亚甲炎的诊断标准主要是依靠于分离现象，所谓分离现象是指亚急性甲状腺炎的患者，会检测到甲状腺激素水平明显升高。但是在进行甲状腺摄碘率检测时，发现甲状腺摄碘率确实明显低下，所以这就是一个典型的分离现象，也是亚急性甲状腺炎的典型临床特点。
亚急性甲状腺炎在诊断方面，如果存在困难时，还可以结合血沉以及穿刺细胞学。在穿刺细胞学上可以看到亚急性甲状腺炎特有的单核巨噬细胞，对于亚急性甲状腺炎的患者，临床特征比较典型，患者通常会有明显的颈痛，而且这种疼痛的程度比较严重，有放射痛，有些患者会出现高热的情况。