腘窝囊肿最好的治疗方法包括以下两种情况：
第一、腘窝囊肿不与膝关节腔相通，仅发生于肌腱上，应经后路手术完整切除腘窝囊肿，并在与肌腱连接处进行电烧，促进局部粘连，防止腘窝囊肿复发，术后局部加压包扎，伸直位固定1-2周；
第二、如果腘窝囊肿与膝关节腔相通，应同时确诊膝关节内疾病，并行膝关节镜手术，治疗膝关节内疾病，如膝关节滑膜炎，同时完整切除腘窝囊肿，并结扎腘窝囊肿入口处。如果膝关节内疾病不能得到根治，则术中需要扩大腘窝囊肿与膝关节相通处，也可以预防腘窝囊肿复发。通过以上两种术式可以切除骨囊肿，术后应积极锻炼下肢肌肉力量及强度，增强膝关节稳定性，避免腘窝囊肿再次形成。