通常情况下，子宫不会长囊肿，长囊肿的部位大多数还是集中在卵巢、输卵管的位置。子宫是肌层，子宫肌层通常情况下并不会长出囊肿，但是如果是在子宫颈腺囊肿，也就是子宫颈表面以及子宫颈管内，有可能会生成比较小的囊肿。子宫颈腺囊肿绝大多数情况下都是子宫颈生理性的变化，是子宫颈转化区内鳞状上皮在取代柱状上皮的过程中，由于新生的鳞状上皮覆盖了子宫颈管的线口，或者深入到了腺管内部，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物没有办法引流，因此潴留，也会形成囊肿。在子宫颈局部损伤或者子宫颈慢性炎症的时候，使腺管口狭窄，也有可能会导致子宫颈腺囊肿的形成。
另外，比较常见的子宫上囊肿，其实指的是子宫肌瘤发生了囊性变，子宫肌瘤的囊性变是在玻璃样变的基础之上继续发生的。当子宫肌瘤发生了变性，肌瘤就会失去原来的非常典型的结构，会变得透明，而且肌瘤的剖面旋涡状的结构也会消失，由均匀的、透明样的物质所取代。继续发展，基细胞坏死、液化，就有可能会出现囊性变，子宫肌瘤就会变软，可能很难与妊娠的子宫或是卵巢囊肿相区别。因此，在超声的检查之下就会被误认为是卵巢的囊肿，当进行腹腔镜手术或者开腹手术的时候才发现，是子宫肌瘤囊性变才导致的囊肿表现。
