脑血栓的治疗方法在急性期发病3-4.5小时之内可以使用静脉溶栓治疗，常用的药物是阿替普酶。在发病24小时之内，如果判断有大血管的血栓形成，可以血管内治疗，就是机械取栓的治疗。
过了时间窗，脑血栓的治疗在急性期可以使用阿司匹林、波立维等抗血小板聚集治疗，还有他汀降脂等治疗。对于有房颤的病人可能还要根据病情的轻重，合并情况，权衡出血的风险，选择使用华法林或新型的口服抗凝药治疗，在医院也会使用中成药的活血化瘀药物治疗脑血栓。但是从脑血栓的长期的二级预防来看，要根据病因也就是不同的分型，进行抗聚或是抗凝，针对病因的二级预防治疗。