腘窝囊肿形成的机制，主要是由于膝关节内部的积液过多，导致其从膝关节后侧关节囊某些薄弱的部位向后突出，到达腘窝内部，继而在此处形成了囊肿，压迫周围的血管、神经，导致一系列的疼痛、肿胀的情况。这种疾病常见的病因主要有如下几个：
1、由于一系列的原因导致的膝关节积液的增多，比如由于受凉、外伤、炎症等因素，导致膝关节内部滑膜的增生，之后就可能会出现大量关节积液的情况。
2、有膝关节的剧烈活动。有些患者习惯做剧烈的活动，比如打篮球、排球、跳跃之类的，可能会诱发此类的疾病。
3、可能有膝关节周围的肌肉力量薄弱的情况。在膝关节周围，尤其是后侧部位，如果患者不经常锻炼，可能出现肌肉力量薄弱，韧带强度下降的情况，造成腘窝囊肿形成的先决条件。