脊髓灰质炎糖丸安全性高，不良反应小，大部分宝宝没有不良反应。有小部分的宝宝可能会出现发热、腹泻、呕吐等情况，一般是在口服疫苗以后的第一天，很少超过三天。宝宝一般症状表现不重，可以给予对症治疗，大部分2-3天能够缓解。要注意孩子的体温，如果体温超过38.5℃，可以口服退烧药物，如果高热不退，需要及时就诊。
另外，宝宝吃脊髓灰质炎糖丸以后要注意饮食，尽量少食多餐，减少喂奶量，缓解可能出现的消化不良症状。如果宝宝出现高烧不退、呕吐重、腹泻重、精神差等情况，都需要及时就诊查明原因，给予对因治疗。大部分脊髓灰质炎糖丸口服以后不良反应小，一般可以自行痊愈。