细菌性痢疾的确诊方法包括便常规、便培养、典型临床症状等，其中首选的确诊方法是做便常规和便培养，具体如下：
1、便常规及便培养：在便常规时，镜检白细胞和脓细胞＞15个/高倍视野，可见红细胞、吞噬细胞，并排除其他原因引起的腹泻。在便培养当中可培养出志贺菌阳性。以上两项便的检查，可以作为细菌性痢疾的首选确证方法。
2、典型的临床症状：如腹痛、腹泻等，有脓血便或黏液便，有里急后重的症状，并且有流行病学史等。
细菌性痢疾是由志贺菌引起的一种肠道传染病，以学龄前儿童和青壮年人群尤为感染。大部分急性患者1-2周之内可以痊愈，罕见地可以转为慢性。