由于疾病的不同、医院的分科不同，其做胃镜就诊可以也有所不同，主要分为以下几个科室：
1、针对慢性胃炎、消化性溃疡、烧心、反酸以及胃部胀满等胃部不适症状，进一步明确诊断需要就诊于消化内科，如果医院分科不明细可就诊于内科。
2、针对已经明确的疾病，如胃息肉、消化性溃疡、上消化道肿瘤以及消化道出血者，进一步治疗则需要就诊于胃肠外科，如果医院分科不明细可就诊于普外科。
3、如果是针对体检以及高危人群的胃肠道疾病筛查等原因做胃镜，可以就诊于消化内科、胃肠外科或者内镜室。
4、针对胃肠道手术术后的复查以及已经明确的胃部疾病经治疗后复查，则需要就诊于当初就诊的科室。