男性生殖器长疣通常是由于不洁的性接触感染的人乳头状病毒引起的，首先应该前往正规医院的泌尿科或者是皮肤科，通过激光、冷冻、电灼的手术方式去除生殖器表面的疣体。
可以涂抹一些抗病毒的药膏，比如干扰素软膏、阿昔洛韦软膏持续治疗2-3周，能够清除残留的病毒。也可以注射干扰素针剂治疗2-3周，能够提高机体的免疫功能，清除残留的病毒，预防复发。
在治疗期间要养成良好的生活习惯，避免辛辣、刺激的饮食，不喝酒，同时也要注意避免再次发生性行为，因为性行为可能会导致病毒交叉感染，引起疣体反复发生。