对于睾丸萎缩的判断，首先是是否存在睾丸萎缩，其次是病因学的判断。通过临床表现，睾丸萎缩的患者，往往出现一侧或者两侧睾丸萎缩，这种睾丸体积较小，而且质地比较柔软。对于合并有雄激素分泌异常的患者，可能会出现第二性征的发育不全，如男性的乳房发育，青春期的发育延缓或者男子的女性化。在查体方面通常是根据睾丸体积的变化，来进行测量。
中国人的睾丸大小范围是15-25mL，通常对睾丸萎缩的定义是小于12mL。除了测量睾丸体积以外，还要注意睾丸的质地是否变软。对于诊断明确的睾丸萎缩患者，要进行相应的病因学的寻找，在睾丸萎缩的病因当中，有肿瘤病毒感染、损伤、炎症、放射性物质、内分泌疾病、药物影响和其他疾病的影响，要根据患者的伴随症状，对可能的病因进行检查。