注射甲肝疫苗，即接种甲型肝炎疫苗时，有极少数人可能会出现发热的症状，但一般都呈自限性，72h之内可以自行缓解。除了可以出现发热症状之外，有部分人还会出现局部红肿、全身性反应，包括头痛、疲劳、恶心、食欲下降等，也有极少数可能会出现皮疹，一般不需要特殊的处理，必要时可以对症治疗。目前甲型肝炎疫苗有两种，有甲肝灭活疫苗和减毒活疫苗。由于制备原理不同，在有效性和安全性上存在差异。
相对于减毒活疫苗，灭活疫苗有更好的稳定性。灭活疫苗和减毒疫苗都是通过侵入人体，引起人体的免疫反应，从而使人体产生免疫记忆来达到免疫效果。接种甲型肝炎疫苗八周后，可以产生很高的抗体，获得很好的免疫力。因此，甲型肝炎疫苗具有良好的免疫保护作用，相对于灭活疫苗，减毒疫苗产生免疫的速度更快，效果更强烈。但是对于体质较弱、本身有疾病的人群，建议加强体质或者是疾病恢复后再注射疫苗。