直肠黏膜内脱垂的治疗方法，大部分需要手术治疗，手术的方法有多种，可以通过PPH、TST或者采取单纯的内痔硬化剂注射治疗。另外，还有直肠黏膜柱状缝扎术、直肠黏膜缝扎悬吊术等。
直肠黏膜内脱垂的患者大部分都有便秘的症状，也就是便秘是导致直肠黏膜内脱垂的重要诱发因素。因此，术后的患者还需要积极治疗便秘，可以通过改善饮食结构，尽量避免食用辛辣刺激的食物以及煎炸的食物，增加粗纤维含量丰富食物的摄入，以及瓜果蔬菜的摄入，多饮水。
必要时患者可口服通便类的药物，比如麻仁丸、槐角丸或者乳果糖口服液等。另外，可以适量的增加运动量，因为久坐、久躺也会导致便秘。