如果有巧克力囊肿，确实会影响怀孕，巧克力囊肿又叫子宫内膜异位囊肿，是属于子宫内膜异位症的一种非常常见的表现。因为有子宫内膜异位症会引起盆腔的粘连，而盆腔粘连可以导致输卵管扭曲和输卵管不通，同时巧克力囊肿会引起排卵障碍，所以确实有巧囊时会影响怀孕。但这也不绝对，有些有巧囊的病人也可以自然受孕，只是普遍的自然受孕概率会要比一般人低一些。
出现这种情况时，如果囊肿不是很大，建议要尽早怀孕，因为一旦怀孕后，本身怀孕对于巧囊也是一种很好的治疗作用。如果有不孕的情况，要尽早去专门的辅助生育技术中心来寻求帮助及治疗。