合生元益生菌婴儿用量是一次半袋，一日两次。合生元益生菌主要用于婴幼儿的消化不良，一般来说服用的时候建议用温开水冲服，或者是放入奶中、米糊中等这些流质食品当中调匀服用，但是水温不宜过高，不建议用超过40℃以上的温水。
如果孩子没有消化功能紊乱，消化功能正常的情况下不需要口服益生菌，益生菌建议应用出现胃肠功能紊乱、消化不良、菌群失调的情况下，以免长期使用益生菌干扰自身的肠道菌群。