根管充填后牙疼是根管治疗术后很常见的反应，通常疼痛经过1-2周会自行消失。根管充填之后出现牙疼，则说明在治疗前已经出现了根尖周的感染，通常根尖周已经出现了炎性渗出物，甚至出现了根尖周的肉芽肿和囊肿。
在根管治疗的过程中，不可避免的会将根管腔内的碎屑，甚至细菌推出根尖孔，使其扩散到根尖周的组织。这时在根尖周有炎性物质的情况下，会导致在根管治疗之后牙齿无法咬硬物，当承受咬合压力的时候，根尖会出现疼痛。通常在1-2周之后，根尖周的炎性物质被机体代谢吸收掉，这种症状会逐渐缓解直至消失。