胆管结石的临床症状主要是以腹痛、发热、黄疸为主，部分的肝外胆管结石引起严重的急性梗阻性化脓性胆管炎，还会合并出现感染性休克，以及神经中枢抑制，比如昏迷。
肝内胆管结石与肝外胆管结石的临床症状有所差别，其中肝内胆管结石如果出现急性发作时，主要是以寒战、高热为主，腹痛及黄疸较为少见。
而肝外胆管结石出现急性胆管炎时，主要是以腹痛、黄疸为主，部分的合并出现高热。胆管结石如果没有急性发作的情况下，也可以没有任何症状，或者仅有轻微的右上腹闷胀不适的症状。