扁平疣的治疗方法很多，但是疗效不十分肯定，可以根据皮损的多少采用不同的治疗，以局部外用为主，可以涂维甲酸霜或者氟尿嘧啶软膏、酞丁安软膏都是局部涂的药物，也可以用抗病毒的中药熬水，熬完水以后局部洗。对于比较少的皮损可以直接选用冷冻、电烧或者激光的治疗，也可以用中药制成的药面，作为面膜局部涂抹。
对于时间比较长，皮损相对比较泛发的，可以用全身的药物，可以口服中药，因为扁平疣的出现可能除了病毒感染以外，和免疫也有一定的关系，可以用转移因子、左旋咪唑等治疗。总之扁平疣的治疗方法有很多种，比如有外用的、口服的、物理的治疗，但是没有一种办法每个人用了都有效，所以对于皮疹比较少的，直接的冷冻或者激光、电烧弄掉，效果相对会好。