小儿矮小做磁共振检查检查的是头部垂体，要明确垂体的大小、垂体的形态，因为垂体是主要的分泌与身高有关的激素的器官，垂体的大小、形态会影响垂体分泌激素的情况。如果垂体发育不好、垂体比较小、垂体有先天的肿瘤样病变，或者在分泌激素时垂体柄有阻断的现象，都会影响垂体分泌激素的水平，会影响孩子长高。除了做垂体的核磁共振平扫之外，还需要做垂体分泌激素的检查，比如生长激素、甲状腺激素、肾上腺激素等，由垂体形态以及垂体激素水平的检测进行综合分析，明确小儿矮小症具体的病因是什么。