清理扁桃体结石就是将结石从扁桃体隐窝内挑出，有些患者能够对照镜子自行挑出，或者是由家属帮助挑出。如果自己挑出不方便或者不成功，可以到医院的耳鼻喉科，由医生用压舌板暴露好结石的位置，可以用枪状镊将结石从扁桃体窝内挤出或者去挑出。
清理结石的方法只是缓解一时的症状，后续结石一般都会有反复的再发，所以想要彻底的治疗扁桃体结石，需要做扁桃体的切除。扁桃体切除是耳鼻喉科常规的手术，手术并不大，术后和围手术期可能会有一定的咽痛、吞咽困难，但是基本上很快能够恢复。