肛瘘如果诊断明确，瘘管形成，需要手术治疗才能治愈，而手术切口的愈合时间需要结合手术方式而定，低位肛瘘大多行肛瘘一次性切开根治术，切口开放，引流通畅，愈合时间相对较快，大约需要两周左右时间，高位的肛瘘或者复杂性肛瘘，愈合时间会有所延长，一般需要四周左右，甚至时间更长。
影响肛瘘术后愈合的因素包括如下：
1、年龄，随着年龄的增加，人体组织的增生、再生能力减弱，明显影响创面的愈合速度；
2、伤口引流不畅和感染，渗出物很多，不但会影响伤口愈合，感染扩散，还会导致扩大伤口；
3、熏洗不当，熏洗伤口过勤或使用药物不正确，使伤口内肉芽组织水肿，过度增生，均影响伤口的愈合，因为熏洗过勤导致伤口愈合缓慢的患者大有人在；
4、局部血液循环，局部血液循环良好，可以保证组织再生所需要的氧和营养，可以促进坏死物质的吸收。