乙型肝炎免疫耐受期，就是指乙型肝炎病毒侵入人体之后，在机体内进行复制并且感染人体，但是身体的免疫系统并不对乙型肝炎病毒产生特别明显的清除作用。乙型肝炎病毒感染细胞之后，身体的免疫系统也不进行破坏以及处理，也就是机体的免疫反应与病毒处于和平共处阶段，此时肝功能正常，但是乙型肝炎病毒载量很高，也就是发生了免疫耐受，此时不主张进行抗病毒治疗，因为即使进行抗病毒治疗，也很难达到满意的效果，而且可能还会诱发病毒变异，使今后的治疗更为复杂。
这种情况通常建议每3-6个月进行一次肝功、HBV-DNA、肝脏彩超等复查，如果发现肝功能异常，说明可能是由免疫耐受期进入到了免疫清除期，此时是进行抗病毒治疗的最佳时机。免疫耐受期通常会持续很多年，如果是在儿童期时感染乙型肝炎病毒，通常进入成年人之后，才可能进入到免疫清除期。