幽门螺杆菌检查方法分为两种情况，一种就是有创的，另一种是无创的。有创的检查就是胃镜下取材做检测，显微镜下观察有无幽门螺杆菌，或者做培养了解耐药情况。
这种检查方式是有创的，通常是做科研的研究，临床上快速尿素敏试验也是通过胃镜取材来做诊断的一种方法。临床上可能应用最多的就是无创的检查，也就是碳13、碳14呼气试验，或者HP抗体的检测、粪便抗原的检测。
碳13、碳14临床上比较常用，只不过就是同位素标记的碳原子不一样。原则上碳13可能会更好，因为半衰期比较短，对大气污染少，对人体没有副作用的，而碳14半衰期比较长。所以孕妇、儿童最好不要做碳14检测，这两个从灵敏度和准确性来说基本上都同样。
临床上因为不同的厂家，选用的试剂不同，标准值可能会有所差异。在临床工作中就看见有些医院碳14<50正常，有些地方<100是正常范围。碳13有些地方是<2.5的，有些厂家是<4.0的。所以一定要看后面标注的参考值数字到底是多少。
抽血检测通常是抗体的检测，不作为现症感染的指标。如果测出来是阳性，可能还会建议再做呼气试验加以佐证。
粪便的检测可能有些地方开展，有些地方不开展，比如针对儿童做呼气试验就不是特别方便，就可以通过粪便抗原的检测判断，有些儿童的腹痛会不会跟幽门螺杆菌相关。