接种13价肺炎疫苗后发热，如果体温不超过38℃，可以不需要特殊的治疗，体温可以自行恢复至正常。如果体温超过38℃，可以用解热镇痛药退热治疗，或者是物理降温。
接种13价肺炎疫苗时，除了发热的不良反应之外，有时还会出现注射部位红斑、硬结、肿块、疼痛、触痛，会出现食欲下降、易激惹、嗜睡、入睡困难、腹泻、呕吐、皮疹，严重时体温可以超过39℃，注射部位红肿的直径>2.4cm，疼痛并影响运动。少见的不良反应还会出现荨麻疹，或者是荨麻疹样的皮疹，注射部位的硬结、肿胀，还有红斑直径>7cm。还会出现过敏反应，包括面部水肿、呼吸困难和支气管痉挛等，出现这些情况应该立即去医院就诊。