脑结核的晚期可能有全身的症状，以及颅内局限性的症状两大方面。全身的症状表现有低热、盗汗、消瘦，实验室检查可表现为血沉增快等结核征象。在颅内可以表现为颅内压增高的症状，以及局限性脑损害的症状，表现为头疼、呕吐、视乳头水肿、偏瘫、失语、癫痫发作等。
小脑的损害症状，会出现眼震、肢体共济失调等一系列局限性症状。结核型脑炎晚期患者会出现意识障碍、模糊的症状，会从嗜睡发展到昏迷、浅反射消失、形成脑疝，甚至造成病人的死亡。结核的全身中毒症状伴随出现，并且会有低热、出虚汗等全身症状。