治疗扁平疣比较理想的方式可以用液氮冷冻来进行治疗，主要是利用液氮的极低温让表面的疣体组织快速冻伤、冻死，脱离正常的皮肤表面，从而达到治疗的效果。但是需要注意以下几点：第一、液氮冷冻疼痛比较高，由于扁平疣生长常常比较密集，治疗的过程可能会比较痛苦。第二、部分冷冻可能会引起小水疱。第三、如果冷冻得过深，可能后期会遗留疤痕。第四、冷冻不能彻底解决扁平疣复发的问题，可以联合转移因子胶囊一起使用。