疱疹性的咽喉炎主要是由于病毒感染导致的，比如柯萨奇病毒，病毒的感染目前来说没有特别好的针对性药物，所用治疗主要是对症支持治疗。
比如可以使用利巴韦林的口喷剂，可以缓解口咽部的疼痛，也具有抗病毒的效果，同时如果有发热、咽痛，可以口服非甾体类抗炎药，如布洛芬，商品名为美林等。
如果是在疱疹病毒感染的基础上伴有细菌性的感染，可以用一些口服的抗生素，如青霉素类或头孢类的抗生素，抗病毒可以使用一些中成药物，比如蒲地蓝口服液或者是莲花清瘟胶囊等。