盐酸特比萘芬片是抗真菌药物，该药是经过肝脏和肾脏代谢，对肝肾功能会有一定影响。如果长期服用或是大剂量使用，比如治疗甲真菌病或系统性真菌感染时需要定期监测肝肾功，以免出现药物性肝炎或药物性肾功不全。
常见的副作用是引起过敏反应，症状主要是身上出现红斑、瘙痒，严重的会出现水疱和大疱、体温升高，国产仿制的盐酸特比萘芬片过敏的发生率比较大。部分患者服用会出现胃肠道不适，尤其是刚开始服药的患者。
主要症状是腹痛腹泻、恶心等，其他副作用非常罕见，比如嗅觉和味觉改变，对日光敏感性增加，前庭功能障碍和听力下降。盐酸特比萘芬片的安全性很好，副作用发生的概率很低，大部分不良反应是一过性的，停药后可以自行恢复。