复方珍珠暗疮片属于中成药类非处方药，按照说明书推荐的剂量和疗程使用很安全。上市后不良反应报告显示，患者大都耐受性良好，副作用较少。偶有患者服药后出现恶心、呕吐等胃肠道反应，以及皮疹、瘙痒等过敏反应，停药后一般症状会消失。
饭后服药可以降低不良反应的发生率，对此药过敏者禁用。此药药性偏于寒凉，过量或者长期服用会增加不良反应的发生频率和程度，还可能会引起腹胀、腹痛，甚至会出现严重的腹泻，极个别患者会出现肝肾功能异常，故不可超说明书用药。服药两周症状无缓解，应去医院就诊。为保证用药效果，服药期间忌烟、酒，忌辛辣、鱼腥食物。