腱鞘囊肿有的能够自愈，但是多数都会随着关节活动量的大小变化，出现囊肿大小的相应变化，关节活动量越大，囊肿出现增大的可能性就越大。一般大的囊肿是不容易愈合的，小的囊肿有可能会逐渐吸收、消失。
对于比较大的囊肿，或者是张力非常大、比较硬的时候可以用手挤破囊肿，让囊液渗透到皮下，囊肿就不存在了，算是治愈。如果是反复发作囊肿的增大，又不能挤破，可以在手术下进行囊肿的切除。手术切除的同时可以对薄弱的关节囊进行缝合，这样复发率是最低的。
从临床观察上看，多数患者的腱鞘囊肿是不能自愈，也就是不能自己消失的。多数需要手术切除或者用手挤破，少数是可以自行消失的。
一般要通过辅助的手段，比如让出现囊肿的关节充分的休息，减少活动量，减少关节液向囊肿内的进入，加上囊肿本身对润滑液的吸收，有可能会最终愈合。