血栓的治疗方案主要包括手术治疗和保守治疗。血栓在神经外科相对比较常见，主要包括大脑动脉血栓形成，大脑静脉血栓形成，大脑静脉窦血栓形成以及双下肢静脉血栓形成。
如果是大脑动脉血栓形成在急性期3个小时以内，可以到当地有条件的医院，通常是三级甲等公立医院神经外科做急诊溶栓治疗，或者在血管介入的条件下做急诊取栓治疗。
如果超过这个时间，也可以采取抗凝、抗血小板聚集，脱水降颅压，保守治疗。如果是静脉血栓以及静脉窦血栓形成，主要是脱水、降颅压治疗，防止颅内感染。双下肢静脉血栓形成，可以考虑肌肉注射低分子肝素，佩戴弹力袜，防止栓子脱落。