盐酸舍曲林用于治疗抑郁症的相关症状，包括伴随焦虑，有或无躁狂史的抑郁症。疗效满意以后继续服用舍曲林，可以有效的防止抑郁症的复发和再发。
盐酸舍曲林也用于治疗强迫症，疗效满意后继续服用舍曲林，可以有效的防止强迫症初始症状的复发。舍曲林每日1片，口服给药，早或晚服用都可以，可以与食物同时服用，也可以单独服用。初始剂量，每日口服舍曲林1片，调整剂量为每日口服1片。效果不佳时，或者对药物耐受时，可以逐渐增加剂量，直至每日4片，服药7日内可以见到疗效，完全起效可能需要的时间会更长一些。
舍曲林有一些不良反应，常见的有口干、消化不良、恶心、厌食、眩晕、失眠、多汗等等。罕见的有中性粒细胞缺乏、耳鸣、瞳孔改变、便秘、严重肝病、过敏反应等。对于本品过敏的患者是需要禁用的，如果与匹莫齐特合用时，需要禁止服用舍曲林。