薏仁性味甘淡，微寒，入脾、肺、大肠经，具有利水除湿，缓和拘挛，清热排脓，健脾的功效。临床中常用于水肿、脚气、小便不利等，常和茯苓、冬瓜皮等同用。
日常生活中常和红豆一起熬水，做成红豆薏米粥或者红豆薏米水来喝，起到利水渗湿的作用。另外，还用于湿热痹证，手足拘挛，可以和忍冬藤、苍术等配伍。可用于寒湿痹痛，手足拘挛，常和桂枝、苍术、白芍等药配伍使用。薏仁可以用来治疗肺痈、肠痈，常和桃仁、牡丹皮等配伍使用。
薏仁还可以用于治疗脾虚腹泻或者白带增多，常和白术、山药等健脾利湿的药物配伍使用。薏仁还有治疗扁平疣和消化道癌症的作用。