南瓜籽为驱虫类中药，入胃、大肠经，味甘平，具有杀虫的功效。既可炒熟做零食服用，也可入药治疗各种常见寄生虫病。绦虫病的治疗，可用本品60-120g，研末冷开水调服，也可配伍槟榔煎剂续贯使用。
南瓜籽也可用于血吸虫病的治疗，需要剂量较大，120-200g，长期服用。现代药理研究显示，南瓜籽驱虫主要有效成分为南瓜籽氨酸，本品对牛肉绦虫、猪肉绦虫的中段和后段节片，具有麻痹作用，并于槟榔有协同作用。
对血吸虫的幼虫有抑制和杀灭作用，可使成虫虫体萎缩、生殖器退化、子宫内虫卵减少，但不能杀灭。