萎缩性胃炎可以选用的药物有：1、阿莫西林、甲硝唑等用于根除幽门螺杆菌。2、亦可选择以质子泵抑制剂为基础，加用两种敏感抗菌素的方案根除治疗。3、胃黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等药物，有保护胃黏膜、减少损伤的作用，可酌情选用。4、促胃动力药：以腹胀、消化不良为主要症状者，可根据症状严重程度应用胃动力药，如吗丁啉、莫沙必利等。5、补充维生素和消化酶类药物：如伴有恶性贫血，可定期补充维生素B12和叶酸。对于上腹部疼痛明显的胃窦萎缩性胃炎，可应用质子泵抑制剂，如奥美拉唑等，或H2受体拮抗剂，如雷尼替丁等治疗，但用量应适当减少。