婴儿有腹泻的情况可以应用肠道微生态疗法，有助于恢复肠道正常菌群的生态平衡，抑制病原菌定植和侵袭，常用的有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪链球菌、枯草芽孢杆菌等制剂。可以应用肠黏膜保护剂，能够吸附病原体和毒素，维持肠细胞的吸收和分泌功能，常用的有蒙脱石散。水样便腹泻患者多为病毒以及非侵袭性细菌所致，一般不选用抗生素治疗，如果伴有明显中毒症状，不能用脱水解释者，尤其是对于重症的患儿，可以选用抗生素治疗。如果有黏液脓血便，多为侵袭性细菌感染所致，应针对特殊的病原选用抗菌药物治疗，可以根据大便培养和药物敏感试验结果来选择敏感的抗生素。