肠炎的确诊需要根据其临床表现及实验室检查等，其中急性肠炎的临床症状主要为恶心、呕吐、腹泻，慢性肠炎则表现为长期慢性或者反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等，严重者可以有黏液便或者水样便。
体格检查时可以见到脐周或下腹部有轻度的压痛，肠鸣音亢进。其实验室检查主要包括大便常规及培养、呕吐物的培养、X线钡餐检查及内镜检查。应该注意的是急性期一般不建议做钡餐的检查，有可能会造成扩张或者穿孔。