小柴胡汤是和解剂，它具有和解少阳的功效。临床主要用于治疗身体出现的伤寒少阳病证。邪在半表半里，临床表现为往来寒热、胸胁苦满、默默不欲饮食、心烦喜呕、口苦、咽干、目眩、舌苔厚薄等临床表现症状。
另外对于身体出现的伤寒，热入血室以及经水适断、寒热发作、疟疾、黄疸等内伤杂病而见以上少阳病证者，也可以通过小柴胡汤进行调理和治疗。
在现代临床治疗中，临床主要用于身体出现的感冒、流行性感冒、疟疾、慢性肝炎、肝硬化、急性胆囊炎、胆结石、急性胰腺炎、胸膜炎、中耳炎出现的胆胃不和，伴有寒热往的少阳症的临床治疗，都有良好的效果。