小檗碱的作用主要用于治疗胃肠炎、细菌性痢疾等肠道感染，眼结膜炎、化脓性中耳炎都有效果，特别是腹泻、腹胀等胃肠炎症效果最佳。小檗碱口服1次0.1-0.3g，1天3次。小檗碱也有不良反应，比如出现恶心、呕吐、皮疹、药疹等反应。如果使用静脉注射的药物会血压下降、心脏抑制等反应。严重的会出现阿-斯综合征，甚至死亡。儿童现在目前禁止使用。