巧克力囊肿的发生是因为子宫内膜异位到卵巢上而发生的，只要患者的激素水平正常，雌孕激素作用于内膜，内膜就会发生周期性的增生和剥脱出血，所以巧克力囊肿会越来越严重。如果想根治巧克力囊肿，最好的办法就是使用药物让女性闭经或者切除双侧卵巢。
但是这种治疗办法会使患者提前进入更年期和老年，对患者的身体状态以及患者的生育影响是非常大的，一般不能够被患者接受。
所以临床中多选择使用药物，比如醋酸亮丙瑞林、戈舍瑞林以及宫腔内放置曼月乐环等，再加上中药、针灸治疗，主要的作用是减缓子宫腺肌病、巧克力囊肿的进展，减轻患者的临床症状。
只要患者能够忍受或者能够顺利的怀孕，就可以继续维持，等到患者闭经之后，巧克力囊肿自然会痊愈。