抗甲状腺药物治疗可以发生一些副作用，比如药物性皮疹、粒细胞缺乏症、白细胞减少症、关节痛、肌肉痛、头痛、药物热、肝功能损害等，总的发病率为3%-7%，以药物性皮疹最为常见，以粒细胞缺乏症最为严重，有人统计了药物性皮疹及粒细胞缺乏症的发生率，药物性皮疹的发生率为2%-5%，粒细胞缺乏症的发生率为0.1%-0.8%。如果出现药物性皮疹等副作用时，不严重可以减少剂量，或者换另一种药物，副作用可以消失。如果副作用严重或减少剂量、换药不能消失，则需立即停止用药，当出现粒细胞缺乏症时，必须停用药物，并采取紧急抢救措施，进行治疗。